シーザーが仲間を救うため人類へ反乱を起こしてから10年。さらに進化した猿たちによって森の中には巨大な猿のコミュニティーが。そして、シーザーは家族や仲間と共に静かで愛に満ちた生活を送っていた。

シーザーには愛する妻コーネリアと息子ブルーアイズがいて、さらに間もなく新たな命の誕生が。妊娠中で体調が悪い妻や若き息子を気遣いながらも、コミュニティーのリーダーとして皆をまとめるシーザー。平穏な日々の中、人間たちはとうの昔にどこかへ行ってしまったのだろうと思っていた。

一方、人類は世界中に広がったウイルスのために滅亡の危機にひんしていた。サンフランシスコのわずかな生存者たちのグループは、生き延びるために水力発電を復旧させて電気を手に入れようと考える。元建築家のマルコムを中心としたチームは発電設備のあるダムのある森へ……。

マルコムは妻を亡くし、息子のアレクサンダーと元看護師のパートナーのエリーと暮らしていた。アレクサンダーは絵を描くのが好きな内向的な少年で、そんな彼をマルコムはエリーと共に見守っていた。