大河ドラマ「新選組！」配信情報｜全話無料で視聴可能な動画配信サービスまとめ

近藤勇（香取慎吾）は、武家の娘・つね（田畑智子）と祝言を挙げた。だが、勇は、ひそかにあこがれていたみつ（沢口靖子）に婚礼の諸事を手伝ってもらうことになり、心中は複雑。その祝言の最中、傷ついて血を流した山口一（オダギリ ジョー）が近藤家に逃げ込んで来る。

勇（香取慎吾）と歳三（山本耕史）は奉納試合に出かけた。その帰り道、2人は永倉新八（山口智充）と再会する。新八は、米国公使の通訳・ヒュースケン（川平慈英）を暗殺する計画に巻き込まれ、報酬目当てで異人切りを引き受けたのだという。勇は暗殺を阻止しようとヒュースケンに近づく。

勇（香取慎吾）の四代目襲名披露が行なわれた。祝いの言葉を伝えに訪ねた龍馬（江口洋介）は、勇に土佐勤王党の血判状を見せ、攘夷決行の行動を起こそうとしていることを告げる。だが、捨助（中村獅童）が血判状を奪ったことから、勇と龍馬があわや決闘寸前の騒ぎに。

近藤（香取慎吾）は周斎（田中邦衛）が用意した袖の下を手に、講武所の松平主税助（藤木孝）のもとへ。教授方への就任を約束された近藤は、佐々木只三郎（伊原剛志）の案内でけいこを見るが、生徒の覇気のなさに驚く。沖田（藤原竜也）と永倉（山口智充）は、伊東道場へ出向き、藤堂平助（中村勘太郎）を試衛館に譲ってほしいと談判を。道場主・伊東大蔵（谷原章介）は断わるが、移籍をかけた門弟との戦いに沖田が勝利し、平助も試衛館の門人になる。一方、土方（山本耕史）は故郷の娘・お琴（田丸麻紀）と見合いするはめに。結婚の意志はないと断言しつつ、色香に迷って抱いてしまう。帰宅した近藤は、客人の松本藩士・伊藤軍平衛（光石研）の頼みを聞き、高輪のエゲレス公使館へ土方家の石田散薬を売りにいく。道中、尊王攘夷派から異人を守らねばいけない現状を嘆く軍兵衛。公使館に到着すると、軍兵衛は精神を病んでいると館の者が知らせる。薬が売れないとわかった近藤らは仕方なく帰ろうとするが、イギリス兵から声をかけられる。

長女・たまが生まれ、近藤（香取慎吾）は父親になった。そんな中、平助（中村勘太郎）を連れて講武所に初出仕するが、なぜかすげなく追い返される。松平主税助（藤木孝）が近藤の出自を知って採用をやめたのだ。そうとは知らず戸惑う近藤は、そこで土佐藩も土佐勤王党も抜けていた龍馬（江口洋介）と遭遇。誘われるまま舶来品が並ぶ幕府軍艦奉行並・勝海舟（野田秀樹）の屋敷へ。象山（石坂浩二）も加わり、真の攘夷や海軍操練所創設の話で盛り上がる。事情通の勝は、近藤が講武所を追い払われたのは身分のせいだと断言。自分は武士だと信じる近藤は、主税助への直談判を決意する。そのころ試衛館では、清河八郎の使者・山岡鉄太郎（羽場裕一）が山南（堺雅人）を訪問。幕府が身分を問わず国のために働く浪士を募集していると明かす。山南は早速状況を手紙にしたため、近藤に渡すようつね（田畑智子）にゆだねる。一方、お琴（田丸麻紀）との交際を続けていた土方（山本耕史）は、早く結婚したいと迫るお琴にウンザリ。冷酷にあしらい傷つける。

勇（香取慎吾）は浪士組結成の献策をした清河八郎（白井晃）と対面した。その際、清河に涙ながらに浪士組の参加を要請されて感動する。周斎（田中邦衛）は勇の決意を快諾。入隊受付の日、勇から江戸残留を言いわたされた沖田（藤原竜也）は、浪士組への同行を懇願する。

200名以上の浪士が上京を決めた。清河（白井晃）の真意を疑う佐々木（伊原剛志）は、牽制のため上総介の後任に鵜殿鳩翁（梅野泰靖）を据える。沖田（藤原竜也）の浪士組入りを許した近藤（香取慎吾）は、道場を周斎（田中邦衛）に見てもらいたいと依頼。身のほど知らずだと激怒するふで（野際陽子）に自分は武士になりにいくと答える。夫と義母は似た者同士だと見るつね（田畑智子）は、仲直りを願う。その後、多摩へあいさつに出向いた近藤は、音五郎（阿南健治）から名刀・虎徹（こてつ）を授かる。土方（山本耕史）はニセモノだとささやくが、近藤は「俺がこれを虎徹にする」と誓う。そのころ、清河は浪士組の編成を決定。近藤が無役だと気づいた山南（堺雅人）は、山岡（羽場裕一）に肩書きをつけるよう頼む。山岡は気安く請け負うが、清河は浪士組のことは自分が決めると宣言。浪士組は将軍家護衛のためでなく尊皇攘夷目的で結成したと明かす。旅立ちを控え、ふでは近藤に自分の苦労した半生を初めて告白。「武士よりも武士らしくなって戻ってきなさい」と激励する。

浪士組が京へ旅立つ日、編成が発表された。当然近藤（香取慎吾）の下につくと思っていた沖田（藤原竜也）、山南（堺雅人）、永倉（山口智充）ら試衛館のメンバーは芹沢（佐藤浩市）が小頭を務める三番組へ。山南の念押しにもかかわらず、近藤の名前に肩書きはない。近藤は将軍を守れれば無役でもかまわないと話すが、土方（山本耕史）は捨助（中村獅童）をだまして大金を奪取。清河（白井晃）への賄賂に使い、近藤を役職にねじ込む。近藤はわけがわからないまま浪士組の宿を割り振る先番宿割の役にありつく。が、佐々木（伊原剛志）の意向で、清河が宿を手配していた東海道を使わないことになったため、先々近藤は宿の手配に苦しむ。一方、三番組小頭・芹沢は、自分の組が一番でないことに難癖をつけて暴れる。剣豪・粕谷新五郎(伊吹吾郎）が制するが、遺恨が生じる。数々のトラブルの中、浪士組は旅立ちのときを迎える。土方と短いひとときを得たお琴（田丸麻紀）、隠れてやってきたつね（田畑智子）、だまされたことに気づいた捨助らは複雑な思いで見送る。

浪士組一行は、予定外の進路・中山道の宿場町に宿を取りながら京へ進む。先番宿割の近藤（香取慎吾）は浪士たちを宿に割り振る仕事にきりきり舞い。見かねた土方（山本耕史）、山南（堺雅人）ら試衛館の仲間が加勢し、なんとかこなしていく。浪士組の中には、五番組の頭に収まった博徒・祐天仙之助（渡部雄作）と、祐天を敵（かたき）と狙う大村達尾（江畑浩規）がいた。事情を知った永倉（山口智充）は、大村を祐天と同じ部屋に入れ、本当に敵か確かめろと告げる。　そんな中、毎晩飲んだくれては大騒ぎを繰り返す芹沢（佐藤浩市）とその一味に苦情が殺到。困り果てた佐々木（伊原剛志）の厳命で、芹沢を隔離することに。平助（中村勘太郎）が芹沢を宿の離れに案内するが、実際は鶏小屋だったという手違いが起こる。土方と沖田（藤原竜也）が謝罪に行くが、芹沢は野宿すると言い放ち、宿場の路上で盛大なたき火を始める。周辺は大騒動に発展。近藤が駆けつけ芹沢にやめるよう説得するが、芹沢は動かない。近藤は芹沢の正面に正座し「火を消すまでここを動かない」と宣言する。

近藤（香取慎吾）ら浪士組はついに京都の地を踏む。京では、久坂玄瑞（池内博之）ら徳川幕府の弱体化を狙う尊王攘夷派の浪士らが暗躍。将軍家を愚弄するいたずらや、天誅と称した辻斬りが横行するなど物騒な事件が起きていた。治安維持に力を尽くしていた京都守護職の会津藩当主・松平容保（筒井道隆）は、浪士組の京入りを大いに喜ぶ。　浪士組は壬生村に逗留することになり、近藤と芹沢（佐藤浩市）、土方（山本耕史）、沖田（藤原竜也）たち三番組は、村の郷士・八木源之丞（伊東四朗）の家を宿舎とすることに。血気盛んな男たちが逗留することに頭を抱えた八木は、娘のひで（吹石一恵）に危険が及ばないようにと男装を強要。が、ひで改め秀二郎が八木家の嫡男と聞いた近藤は、好意から剣術の指南役を買ってでる。　一方、清河（白井晃）は、浪士たちを集め、朝廷に提出する建白書に署名するよう迫る。その実態は幕府に反旗を翻すための布石だったが、帝が目を通すと聞いた浪士たちは喜んで署名。文面を読んだ山南（堺雅人）は不審に思う。

清河（白井晃）が浪士組を結成したのは、攘夷実行の兵隊にするためだった。それを知った佐々木（伊原剛志）は、長州の過激な尊王攘夷派との結託を防ぐため、浪士組に清河ともども江戸へ戻るよう命じる。だが、京へ来たのは将軍の警護が目的といちずに思い定める近藤（香取慎吾）と、近藤とともに出世することに目標を定める土方（山本耕史）は居残ることを決意。自分たちだけで新しい浪士組をつくるのだと意気込む。試衛館の面々も近藤にどこまでもついていくと気勢を上げ、意外にも一度は断わった芹沢（佐藤浩市）も京に残ることを選択する。清河を信じていた山南（堺雅人）は迷いを見せるが、逡巡のすえ近藤と命運を共にすることに。浪士組に帰還の命が下ったことを喜んでいた八木家の人々は、近藤らが帰らないと聞いて激しく落胆する。　そんな中、裏切り者の清河を斬ると芹沢の一派が動きだす。近藤は清河を助けようと奔走。だが、途中で見失ってしまう。道に迷った清河の前に、山口一改め斎藤一（オダギリ ジョー）が現われる。

京都の近藤（香取慎吾）から江戸で待つつね（田畑智子）あてに手紙が届く。周斎（田中邦衛）、ふで（野際陽子）らは、試衛館の面々の活躍に目を見張る。が、現実は近藤が手紙に書いたような順風満帆ではなかった。　清河（白井晃）率いる浪士組は、幕府からの許可が下りず、江戸への出立を止められていた。土方（ひじかた・山本耕史）らはこれを仲間を増やす好機ととらえ、京の道に詳しい斎藤一（オダギリ ジョー）や、粕谷新五郎（伊吹吾郎）を熱心に誘う。八木家では、近藤らが江戸へ帰らないばかりか、かってに「壬生浪士組」なる看板まで掲げられ、あまつさえ人数が増えだす状況に恐れをなす。そんな中、近藤らは二条城に入る将軍・家茂の警護へ。が、なんの権限もないため、遠くから見守るしかなかった。このままでは意味がないと身に染みた近藤は、芹沢（佐藤浩市）とともに会津藩主で京都守護職の松平容保（筒井道隆）に会い、会津藩預かりにしてほしいと訴える。一方、芹沢の横暴さを気にする佐々木（伊原剛志）は、殿内義雄（生瀬勝久）に密偵を命じる。

松平容保（筒井道隆）との面談がかなった近藤（香取慎吾）と芹沢（佐藤浩市）は、会津藩の預かりの身となり、晴れて京に残る大義名分を得た。終始芹沢に主導権を握られた展開だったが満足げな近藤を見て、土方（山本耕史）は「江戸に帰るのは将軍が帰るときではなく、大名になったときだ」と発破をかける。そして、組の頭の座や組の名称をめぐり、近藤を推す土方ら試衛館の一派、芹沢を推す水戸藩出身の一派が大きく分かれ、にらみ合うことに。そんな中、市中の自主見回りに出かけた近藤、永倉（山口智充）、斎藤（オダギリ ジョー）は、不逞浪士にからまれていた娘・お幸（優香）を助ける。近藤派と芹沢派の溝が深まる中、会津藩の要請で壬生狂言の会を実施。源之丞（伊東四朗）は張り切って舞台を務める。その晩、具合が悪くなって中座した阿比留鋭三郎（矢部太郎）は、浪士の殿内（生瀬勝久）が幕府の間者であることを偶然知ってしまう。それを知った近藤は、殿内を説得し、真の仲間として受け入れる。が、芹沢は殿内を斬り殺してしまう。

近藤（香取慎吾）は海軍創設のために奔走している坂本（江口洋介）と再会。坂本から桂（石黒賢）が開国派の坂本の仕事に尽力していると聞く。が、その桂は長州藩の攘夷運動のリーダーでもあり、急進派の久坂（池内博之）らを使い、幕府を揶揄する“数え歌”が書かれた札を京の町に立てていた。一方、壬生浪士組には八木家の使用人・又三郎（松谷賢示）が新たに加わった。土方（山本耕史）は芹沢派より近藤派の人数が多いことを理由に、2人組長制を近藤に提案。芹沢（佐藤浩市）に、近藤を組長改め局長に据えることを承知させる。が、芹沢は新見（相島一之）も局長にせよとゴリ押し。土方と山南（堺雅人）が負けじと副長に納まることで力の均衡を保つ。そんな中、長州藩の狼藉に怒り心頭に発した容保（筒井道隆）は、数え歌が書かれた札の撤去を命じる。が、会津藩の保身を考える公用方の秋月（堀部圭亮）らは、京都守護職の役目を終えるまでは目立った動きをしないほうがいいと助言。会津藩の体面を守るため、壬生浪士組にその役目を命じる。

八木家の久（正司歌江）が心臓の病で危篤状態に。久は原田（山本太郎）を枕元に呼び、逆に立て掛けていたほうきを元に戻すよう指示。歓迎の意を示すと息を引き取った。土方（山本耕史）の提案で、久の葬儀を壬生浪士組が取りしきることに決まる。土方は、葬儀の場を利用して、長州びいきの村の名士たちに、浪士組や近藤（香取慎吾）の顔を売ろうと考えていた。そんな中、永倉（山口智充）の旧知の浪人・島田魁（照英）が新たに仲間に加わることになった。一方、葬儀の準備で隊士らが忙しく走り回る中、近藤は原田を元気づけようと甘味処へ誘う。そこで近藤は以前暴漢から救った娘・お幸（優香）と再会。近藤とお幸は打ち解け合う。葬儀には近隣の人が多数参列する。が、長州の久坂（池内博之）が現われ、芹沢（佐藤浩市）と尊王の思いをめぐって一触即発の険悪な雰囲気に。その芹沢について、会津藩の広沢（矢島健一）は、大坂の商家から強盗まがいのやり方で金をゆすり取っているらしいとの噂を近藤と土方に教える。

近藤（香取慎吾）たち浪士組は、大坂へ向かう将軍を警護する役目を負うことに。芹沢（佐藤浩市）は、これを機にそろいの羽織を新調しようと提案する。形は近藤の好みにより、赤穂浪士の討ち入りで用いられた装束を採用。色はお梅（鈴木京香）のすすめで浅葱色に。武士が切腹の際に用いる浅葱色の装束を芹沢は気に入るが、これは上方の人間から見れば田舎者まる出しのかっこう。お梅はひそかにほくそえむ。一方、土方（山本耕史）の策略で壬生に残った山南（堺雅人）らは、近藤派の勢力を増やすため、新たな隊士を募集。算術に強い河合耆三郎（大倉孝二）や柔術の達人・松原忠司（甲本雅裕）が加わる。大坂で坂本（江口洋介）に会った近藤は酒席に誘われる。同席した芹沢は、尊王攘夷論をめぐって桂（石黒賢）とケンカに。が、弁のたつ桂は芹沢の持論を一蹴。桂が去った後も怒りの収まらない芹沢を別の料亭に連れ出した近藤は、その席で深雪太夫（優香）に声をかけられる。よく見ると太夫の正体は、京の町で以前助けたお幸だった。

近藤（香取慎吾）は、法度に背いた芹沢（佐藤浩市）の右腕・新見（相島一之）を切腹させたとの報告を土方（山本耕史）と山南（堺雅人）から受け、怒りをあらわにする。が、何よりも浪士組を思う土方の覚悟に、近藤の心も芹沢排除に傾いていく。結局、近藤同席のもと、芹沢暗殺の謀議が開始される。折しも、“八月十八日の政変”での働きに対し朝廷から浪士組に報奨金が下されることに。そこでその祝宴の席で芹沢を泥酔させ、帰り道に長州藩士の仕業に見せかけて斬るという計画が立てられる。暗殺決行の日、近藤は容保（筒井道隆）から「壬生浪士組」に代わって“新しい時代を築く者”を意味する「新選組」という正式な名前をもらう。その宴席で、芹沢と喜びを分かち合った近藤は思わず暗殺計画を打ち明けようとするが、自分の死を悟っていた芹沢は「鬼になって俺を乗り越えろ」と制する。その後、泥酔して帰路に着く芹沢を追跡した土方らは芹沢の居室を急襲。するとそこには刀を手にした芹沢が待ち構えていた。

つね（田畑智子）のもとに、近藤（香取慎吾）からの手紙が届く。そこには新選組の局長となった近藤らの活躍が書かれていた。　京都守護職・容保（筒井道隆）の後ろ盾を得た新選組は、軍学者の武田観柳斎（八嶋智人）、密偵を志願してきた山崎烝（桂吉弥）、家柄のいい槍術師範の谷三十郎（まいど豊）など新たな隊士を加え、八木家の向かいの前川家も借用するほどの大所帯となる。一方、土佐の坂本（江口洋介）は蝦夷地の開拓を進めようと動いていた。その坂本の前に、おりょう（麻生久美子）が現われる。そんな中、近藤は佐久間（石坂浩二）と再会。佐久間はまさ（はしのえみ）の店をクビになりかけた捨助（中村獅童）を従者として雇い、近藤を驚かせる。一方、土方（山本耕史）は、何かと新選組にうるさい大坂西町奉行所の内山（ささきいさお）を抑えるため、内山の悪行を山崎に探らせ揺さぶりをかける。だが、内山は斎藤（オダギリ ジョー）を過去の罪で拷問にかけ、新選組との対決姿勢をあらわに。土方は内山の暗殺を決意する。

近藤（香取慎吾）は、大坂から帰った永倉（山口智充）に芹沢の死は新選組の仕業ではないかと問い詰められる。その場は否定する近藤だが、みずからが進んだ道が正しいのか自信がもてない。悩む近藤は、山南（堺雅人）のすすめで気晴らしに若い隊士と交流を。ところが、みんなが近藤を怖い存在だと思っていることを知りショックを受ける。さらに谷（まいど豊）には、弟の昌武（浅利陽介）を養子にしないかと持ちかけられ、困り果てる。一方、京都には幕府により市中を警固する見廻（みまわり）組が創設される。頭には佐々木（伊原剛志）が就任し、土方（山本耕史）は対抗意識を燃やす。そんな中、捜索中だった肥後藩の脱藩浪士・宮部鼎蔵（四方堂亘）が炭問屋の桝屋に潜伏中との情報がもたらされた。武田（八嶋智人）が隊士を率いて桝屋に乗り込むと、納屋には大量の武器や弾薬が。主人の喜右衛門（中山俊）を捕らえ拷問した結果、彼が実は尊攘志士の古高俊太郎であり、御所へ放火するという驚くべき計画があることが明らかになる。

近藤（香取慎吾）は、京に火を放とうと画策する不逞浪士・宮部（四方堂亘）らの襲撃を決意。潜伏先を突き止め、先手を打つことにする。これが長州との戦の発端になり、京の人々に迷惑をかける結果を招きはしないかと悩む近藤だったが、源之丞（伊東四朗）はみかどを守ることが大事と励ます。また、容保（筒井道隆）からも援軍を受けることが決定。が、長州との確執を恐れた会津藩内部の人間により、援軍は秘密裏に中止される。その夜、祗園の町会所に集結した新選組は近藤と土方（山本耕史）の二手に分かれ、宮部らの潜伏先の探索を開始する。京都中の旅館を捜索した近藤ら10名の隊士は、池田屋でついに宮部ら不逞浪士を発見。死闘が幕を開ける。

池田屋事件以来、長州の会津と薩摩に対する敵対心は増すばかり。急進派の久坂（池内博之）、真木和泉（大谷亮介）は天王山に布陣し、御所を襲おうと待機していた。容保（筒井道隆）に謁見した帰り、近藤（香取慎吾）は佐久間（石坂浩二）に自分たちの行ないに対する迷いを告白。佐久間は「国を思う己の心に誠があれば迷うことはない。己を信じろ」と励ます。だが、近藤と別れた後、佐久間は河上彦斎（高杉亘）によって暗殺される。一方、谷昌武（浅利陽介）は正式に近藤の養子となり、「周平」という名前をもらう。近藤周斎の昔の名前なだけに周平は気が重い。京では戦が始まり、新選組が到着したときには長州はすでに敗走。久坂らは「みかどに謁見したい」と長州寄りの公家・鷹司卿（立川三貴）に頼むが、突っぱねられる。敗北を悟った久坂は、公家の屋敷に逃げ込んだ捨助（中村獅童）に髷を託し、自害する。一方、御所に向かった新選組は指示を仰ぎに薩摩の大島（宇梶剛士）に会い、残党のいる天王山へ向かう。

池田屋事件での働きにより、新選組は多額の恩賞金を得た。いずれは直参に取り立てるとの会津藩の話に近藤（香取慎吾）は感激する。土方（山本耕史）は恩賞金の分配について、池田屋での働きに応じて分けると宣言。屯所を守っていた山南（堺雅人）らには与えられないことに。これに永倉（山口智充）はひそかに不満を抱く。土方はさらに組織の改革に着手。近藤をトップに据え、副長の土方の下に一〜十番隊を置く新組織を発表する。だが、永倉はこの体制は近藤と土方に権力が集中し、しかも山南が相談役に退けられていると反発。新選組の飛躍を焦る土方は、芹沢鴨暗殺により新選組は変わったのだと激怒する。芹沢の死は長州藩によるものと聞かされていた永倉は、思わぬ形で芹沢暗殺の真相を知り、島田（照英）を連れ新選組を飛び出す。事態を重く見た山南は、新選組を抜ける前に容保（筒井道隆）に直訴し、近藤を諭してもらうよう説得。永倉は原田（山本太郎）、斎藤（オダギリ ジョー）らを集め、容保宛てに連名で建白書を提出する。

近藤（香取慎吾）は容保（筒井道隆）の依頼で、長州征伐と将軍の上洛を建白するために江戸へ行くこととなった。藤堂（中村勘太郎）、永倉（山口智充）らを供に試衛館へ帰った近藤を、周斎（田中邦衛）、ふで（野際陽子）、つね（田畑智子）らが迎える。一方、新選組の活躍を知る幕府ではあったが、将軍の上洛には莫大な金銭がかかるため、近藤の願いは聞き入れられなかった。国の大事より保身に汲々としている幕府役人と旗本に失望する近藤。だが、西洋医学の権威・松本良順（田中哲司）から「世界との交わりを絶っては日本の将来はない」と言われ、一念発起。改めて攘夷のあり方を見つめ直す。一方、京では山南（堺雅人）が、新選組の勢力拡大を急ぎすぎる土方（山本耕史）への不信感を募らせていた。坂本（江口洋介）と会った山南は、坂本の自由な考え方に魅せられ、変わり果てた新選組と、ふがいない自分に嫌悪感を抱く。同じころ土方は永倉の反乱の決着をつけるため、近藤批判の建白書を書いた葛山（平畠啓史）に切腹を言い渡していた。

江戸から戻った近藤（香取慎吾）は、留守の間、土方（山本耕史）が隊士を切腹させたことに腹を立てる。しかし、土方は新選組の結束を固めるには法度で縛るしかないとの信念を崩さず、山南（堺雅人）らとの対立を深める。一方、新しく入隊した伊東甲子太郎（谷原章介）は参謀役に就任。だが、土方は伊東が気に入らず、芹沢を暗殺した部屋に住まわせる。その伊東は江戸から数名の新しい隊士を連れてきていたが、実は新選組を利用して尊皇攘夷を実現しようと考えていた。そんな中、土方は新選組が大所帯となったのを機会に、屯所の移転を提案。西本願寺を新たな地に推薦する。山南は由緒ある寺院に武力を持ち込むことに反対するが、伊東がこれを論破。もはや新選組に居場所がないと感じた山南は土方に休暇を願い出る。だが、頭の切れる伊東に対抗するため山南を手もとに置きたい土方はこれを却下。山南は永倉（山口智充）と原田（山本太郎）にだけ胸の内を明かすと、遊郭から明里（鈴木砂羽）を身請けし、新選組を脱走する。

山南（堺雅人）が身請けした明里（鈴木砂羽）を連れて新選組を脱走した。沖田（藤原竜也）は近藤（香取慎吾）から命じられて馬で追う。出発前に沖田は近藤から、草津まで行って見つからなかった場合は、深追いするなと言われていた。しかし、大津で沖田を見つけた山南は、みずから声をかけ、新選組に戻ってくる。帰還した山南に、近藤は断腸の思いで切腹を言い渡す。これに永倉（山口智充）と原田（山本太郎）は強硬に反対。八木家の当主・源之丞（伊東四朗）からも助命を求める声が上がる。だが、土方（山本耕史）は、これらを頑として受け入れない。そんな中、道中で別れたはずの明里が屯所にやってくる。山南に故郷へ帰るよう言われたものの、道に迷ったのだという。「いっしょに来て」とすがる明里を山南はなだめ、山崎（桂吉弥）に郷里へ送らせる。山南に明るく別れを告げる明里。しかし、明里は山南が切腹することをわかっていた。そしてその夜、近藤たちが見守る中、沖田の介錯のもと、山南の切腹が行なわれる。

近藤（香取慎吾）は深雪太夫（優香）の身請けを決意し、寺田屋の女将・お登勢（戸田恵子）の助けを借りて京都へ呼び寄せる手はずを整える。また、永倉（山口智充）も親友の婚約者だった芸者の小常（小西美帆）を、大坂から近くへ来させることにする。そんな折、江戸で隊士募集を終えた藤堂（中村勘太郎）が、近藤や沖田（藤原竜也）を驚かせてやろうと、つね（田畑智子）とみつ（沢口靖子）を連れて帰ってきた。が、ちょうど近藤は深雪太夫を迎えに出かけたあと。八木家へのあいさつを済ませたつねとみつは近藤のいる寺田屋へ行くと言いだし、慌てた沖田と土方（山本耕史）は、先回りしに走る。一方、寺田屋では坂本（江口洋介）と桂（石黒賢）が密談中。坂本は長州と薩摩が手を組めば幕府に対抗できると説得するが、桂はこの案を一笑に付する。つねとみつは、近藤とお幸がいっしょにいるところを見つけ、突然の出来事に声を失う。だが、つねは近藤を責めず、深雪太夫と2人で話をさせてほしいと申し出る。

大所帯になった新選組は、手狭 になった壬生村の八木家から西本願寺へ屯所を移すことになった。近藤（香取慎吾）も別宅を構え、お幸（優香）を正式に招き寄せる。そんな折、市中の見回りに出かけた武田（八嶋智人）、斎藤（オダギリ ジョー）、松原（甲本雅裕）は、うどん屋の主人に変装していた桂（石黒賢）を発見。護衛の捨助（中村獅童）、仙波（宅間孝行）が盾となり桂は逃亡する。松原の刀に倒れた仙波は、妻のお初（清水美那）に金を渡してくれるよう頼んで息絶える。一方、八木家では沖田（藤原竜也）に思いを寄せているひで（吹石一恵）を心配し、雅（松金よね子）が土方（山本耕史）に2人の仲を終わらせてくれるよう頼む。土方はひでに沖田の病気を明かし、残された時間を剣士として歩ませたいと説得。沖田との別れを決心するひでだったが、あふれる悲しみを隠すことができない。そんなひでを沖田は抱き締める。そんな中、幕府を見限り近藤と決別をした坂本（江口洋介）は、中岡慎太郎（増沢望）と密会。薩長同盟の締結に向けて始動する。

沖田（藤原竜也）は、長州の浪士が密談中の料亭に踏み込み、長州の天狗と呼ばれていた捨助（中村獅童）に遭遇。だが、後から来た見廻組との手柄争いで捨助を取り逃がしてしまう。そんな中、見廻組の佐々木（伊原剛志）が近藤（香取慎吾）を訪ねてきた。これ以上、京の町で新選組と見廻組がかち合って敵を取り逃がすことのないよう、受け持ち区域を決めようというのだ。しかし、佐々木の提案は見廻組が御所や二条城といった要の場所ばかりで手柄をアピールする意図が見え見え。近藤は到底受け入れるわけにはいかない。折しも祇園で火事が起こり、新選組はただちに出動する。が、ここでも見廻組とかち合ってしまい、どちらが指揮を執るかでもめる。先に到着したのは新選組との主張で、佐々木は近藤に従う。一方、薩長同盟の実現に向け動く坂本（江口洋介）はお登勢（戸田恵子）の何気ないひと言で妙案を思いつく。坂本は西郷（宇梶剛士）に、薩長同盟締結の見返りに、薩摩の武器と長州の米を交換する「びじねす」を提案する。

隊士の松原（甲本雅裕）はみずから斬った長州浪士の妻・お初（清水美那）の家に足繁く通う。未亡人にしてしまった責任からめんどうをみていたのだ。が、これを知った土方（山本耕史）は新選組の法度に背くと糾弾する。納得いかない松原は腹を斬ってみせ、けがを負う。近藤（香取慎吾）は会津藩の広沢（矢島健一）から薩摩と長州が手を組もうとしているとの情報を教えられる。広沢の提示した首謀者リストの中に坂本（江口洋介）の名を発見した近藤は悲しみに暮れる。そんなある日、松原がお初の家に招かれる。お初に抱き締められ喜ぶ松原。だが次の瞬間、松原はお初にかんざしで胸を刺され、絶命するのだった。駆けつけた土方は松原の体面を尊重し、この一件を心中事件として報告する。一方、坂本を追う新選組は、寺田屋のお登勢（戸田恵子）の機転と、捨助（中村獅童）の妨害に遭い行方を見失う。そのすきに薩摩藩邸に入った坂本は西郷（宇梶剛士）と桂（石黒賢）と個別に交渉し、ついに薩摩と長州の同盟を実現する。

薩長同盟が締結された直後より、幕府側に頻繁に命を狙われはじめる坂本（江口洋介）。捨助（中村獅童）の裏切りで、伏見奉行所の捕り方に急襲されるが、おりょう（麻生久美子）の機転で命からがら逃げ出す。一方、近藤（香取慎吾）は長州を説得するため広島へ出立。新選組を敵視する長州を刺激するだけ、と反対する土方（山本耕史）の心配をよそに近藤は御公儀のため命をかける覚悟をあらわにする。そんな中、武田（八嶋智人）が軍学書を買うため、勘定方の河合（大倉孝二）に公金から50両貸してほしいと持ちかける。河合が渋々貸した50両で軍学書を購入する武田。だが、同じ軍学書を手に入れようとしていて先を越された土方は、金の出どころを不審に思い、帳簿を調査。公金の不足を指摘する。河合は武田のことは黙ったまま、実家からの送金で10日以内に埋め合わせることを約束する。武田も一時は返金を考えるが決断できない。そして、送金のないまま約束の10日が過ぎ、土方も不本意ながら河合に切腹を言い渡す。

近藤（香取慎吾）の養子となった周平（浅利陽介）の実兄、谷三十郎（まいど豊）と万太郎（若松力）が新選組を脱走した。万太郎は逃げのびるが、三十郎は斎藤（オダギリ ジョー）に斬られて絶命。周平へのほかの隊士からの風当たりは強くなる。また伊東（谷原章介）も秘密裏に岩倉（中村有志）と接触し、隊士らの新選組離れは深刻な状況となる。一方、鹿児島の温泉では薩長の橋渡しをした坂本（江口洋介）がおりょう（麻生久美子）と骨休め。京都では捨助（中村獅童）が見廻組の佐々木（伊原剛志）に坂本、桂とは知己だというのを売りに取り入ろうとしていた。そんな中、新選組では原田（山本太郎）とおまさ（はしのえみ）の結婚を祝い、永倉（山口智充）の音頭で宴が開かれる。近藤、土方（山本耕史）も駆けつけるが、折しもその晩、隊士の浅野（中村俊太）が周平を道連れに隊から抜けようとしていた。偶然その場を見たお幸（優香）は、屯所へ知らせに走る。そのころ江戸では将軍家茂が逝去し、一橋慶喜(今井朋彦)が擁立されようとしていた。

伊東（谷原章介）は隊からの独立を画策していた。それを勇（香取慎吾）らに察知されたと知った伊東は「長州の動きを探るため、一時離脱する」と建て前を。勇はそれをあえてうのみにし、離脱を認める。伊東に師事していた平助（中村勘太郎）は、勇への恩から離脱に戸惑う。

御陵衛士の残党から命を狙われた近藤（香取慎吾）は、右肩にけがを負い、沖田（藤原竜也）、お孝（優香）とともに療養のため大坂城に赴く。一方、京都では岩倉（中村有志）、西郷（宇梶剛士）を中心に徳川打倒の準備が着々と進められていた。新選組も残った土方（山本耕史）、源三郎（小林隆）を中心に鳥羽伏見に布陣。ついに戦闘が開始される。しかし、銃や大砲で攻めてくる薩長に、新選組は太刀打ちできず退却せざるを得なかった。数日後、淀の千両松に布陣した新選組の前に菊の御紋のついた錦の御旗を掲げた、薩長軍が現われる。官軍として進軍する薩長に、逆賊になるのを恐れた幕府軍は、次々と逃げだす。新選組も退却を余儀なくされるが、逃げ遅れた周平（浅利陽介）をかばった源三郎が敵の銃弾を受ける。重傷を負った源三郎は永倉（山口智充）、原田（山本太郎）、斎藤（オダギリ ジョー）らに見守られ、土方の腕の中で絶命する。そんな中、近藤は大坂城で慶喜（今井朋彦）に陣頭指揮に立つよう進言する。

鳥羽伏見の戦いで幕府軍は錦の御旗を掲げた官軍に敗北。生き残った新選組の隊士は近藤（香取慎吾）が待つ大坂へと向かう。土方（山本耕史）は、斎藤（オダギリ ジョー）と山崎（桂吉弥）を連れて屯所に寄り、残していた機密文書を焼却。左之助（山本太郎）は身重のまさ（はしのえみ）にひと時の別れを告げにいくが、永倉（山口智充）の恋人・おその（小西美帆）は薩摩兵士に襲われ、絶命しようとしていた。そんな中、幕府軍の残党狩りをしていた官軍により、山崎が負傷。瀕死の山崎を連れ、隠れていた土方らは捨助（中村獅童）と寺田屋のお登勢（戸田恵子）の機転によって京から脱出し、大坂城に入る。土方らと合流した近藤は、慶喜（今井朋彦）に続いて戦力の立て直しをはかるため江戸に帰還。その船中、近藤は、軍艦奉行・榎本（草なぎ剛）と遭遇する。一方、江戸では朝敵となることを恐れた慶喜が勝海舟（野田秀樹）の進言を受け入れ、上野で謹慎することを決定。近藤らは、この事実に愕然となる。

朝廷の命令に恭順の意を示した慶喜（今井朋彦）は、謹慎のため江戸城を去った。主戦派は近藤（香取慎吾）ら新選組に期待をかけるが、陸軍総裁の勝（野田秀樹）は新選組の名前も甲陽鎮撫隊と改めさせ、甲府城で薩長軍を迎え撃つよう、甲府への出陣を命じる。江戸の町を戦火にさらしたくない勝は、体よく新選組を追い払いたかったのだ。近藤も勝の命により大久保剛（たけし）、土方（山本耕史）は内藤隼人と名前を変え、鎮撫隊は甲府へと出発する。沖田（藤原竜也）は姉・みつ（沢口靖子）に病気で先が長くないことを伝え、部隊に同行。近藤は容保（筒井道隆）に会津での再会を約束し、妻・つね（田畑智子）らに見送られる。進軍途中、多摩に立ち寄った近藤らは、彦五郎（小日向文世）らに歓迎されて故郷に錦を飾る。その夜、土方は近藤にこれまで新選組は正しかったのかと迷いを打ち明ける。近藤は土方を励まし、沖田とともに死力を尽くして戦いに臨むことを誓う。だが、甲府に向かった近藤らは敵に先手を打たれ、苦戦を強いられる。

江戸への総攻撃に備える西郷吉之助（宇梶剛士）ら新政府軍に対し、勝海舟（野田秀樹）は江戸城を無血開城することで降伏。勝は甲州勝沼で敗走した近藤（香取慎吾）ら甲陽鎮撫隊に江戸からの退去を求め、近藤は土方（山本耕史）らとともに容保のいる会津をめざす決意をする。一方、新選組を離脱していた永倉（山口智充）と左之助（山本太郎）も同志を集めて会津をめざしていた。そこへ死んだと思っていた永倉の親友で、おそのの夫だった市川（八十田勇一）が現われる。市川は芳賀と名を改め、旗本の養子となっていた。永倉は市川がつくった江戸侍の隊に誘われ、左之助は京都に残してきた妻子のもとへ帰る。そんな中、鎮撫隊は流山へと陣を移し、戦の調練を開始する。が、それが新政府軍の耳に入り大将の“大久保大和”が近藤勇ではないかとの疑惑が浮上。軍監の有馬（古田新太）が流山に視察に訪れる。戦力の整わない中、新政府軍に新選組と悟られたら敗北は必至。土方は近藤に大久保大和として嘘をつき通すよう進言する。

流山で新政府軍に捕らえられた近藤（香取慎吾）は、本陣・板橋宿に移される。甲陽鎮撫隊について尋問を受けた近藤は、勝海舟（野田秀樹）の名前を出さず、自分の単独行動だと答える。それは幕府への恨みのすべてをひとりで引き受けようとする近藤の決意表明だった。近藤の意図を察した土方（山本耕史）は勝に助命嘆願をする。だが、勝は自分には何もできないと拒否。逆に土方に蝦夷地で戦うよう勧め、幕府の最後の誇りを託す。そんな中、近藤の刑罰が斬首に決定。処刑の日、妻のつね（田畑智子）らが見つめる中、近藤は処刑場に歩を進める。