生まれる前から人類の救世主と運命付けられた男、ジョン。抵抗軍の部下たちや人類の未来、そして愛する妻と生まれるべきわが子……そのすべてを背負いながら、機械軍とのバトルに明け暮れる日々。壮絶な戦いの中で、無情にも死んでいく仲間たち。ジョンは、死んだ兵士の肉親に、彼らが帰らぬことを伝えねばならない。にもかかわらず、戦闘に参加しない司令本部の上層部たちは、ジョンの人類への思いや、平和な未来を願う気持ちをまったく理解せず、攻撃作戦を実行しようとする。苦悩するジョンだが、彼には大きな心の支えがあった。それは亡き母、サラ・コナーが終末的未来で戦い抜く息子のために吹き込んだメッセージだ。ジョンはサラの言葉を胸に、自分が信じた未来へと突き進む！

突然放たれたのは、機械軍と抵抗軍が激戦を繰り広げた後の荒野……。ここはどこ？　わたしは誰？　記憶を失いさ迷うマーカスの前に現われたのはジョンたち抵抗軍メンバー。そこでマーカスは自らの体が機械と人間のハイブリッドであるという事実を突きつけられる。違う、オレは人間だ！　しかし人類は認めてくれず、攻撃されてしまう……。そんな中でマーカスは自らに語りかける。おれの存在理由とは？　こんな体になる前、オレは死刑囚だった……。そして、それまでの人生を償うべく、自ら進んでガン治療研究の献体になったはず。にもかかわらず、どうしてオレの体はマシンになっているんだ!?　オレは絶対に突き止める……オレをこんな体にしたやつを。そのためには、スカイネットに戻るしかない！

各地に散らばる生き残った人類たち。ジョンと行動を共にし、抵抗軍として作戦に参加する者、抵抗軍にあこがれ遠く離れた場所で支部を作り、知恵と勇気で機械軍とバトルを繰り広げる者、交戦せずに隠れて暮らすグループなどさまざまな形で存在している。そんな中、ショックで口が聞けなくなってしまった少女のスターと二人で機械軍と戦っている、LA支部のカイル・リース。抵抗軍の正式メンバーになりたいのだが、移動手段もなく、今では身動きが取れない状態だ。しかしラジオから流れてきたジョンの声に心を震わせ、危険を承知の上で、ジョンに会いに行く決意を固める。この先に何があるかわからない。けれど僕が動けば、世界が変わるかもしれない。ばく然とした思いを抱えながらも、カイルは自分のために、そして人類のための大きな第一歩を踏み出すのだ！